در سال 653 هجری هجوم دیگری از سوی مغولان به دست هلاکو یکی از نوه های چنگیز آغاز شد هلاکو نیز مانند اجدا خود به ویرانی شهرها پرداخت و از طرفی به قیام دویست ساله اسماعیلیان در قلعه الموت پایان داد.
بعد از آنکه مغولان شهرهای آباد را ویران کردند، مجبور شدند برای بقا و ایجاد حکومت جدید پاره اندیشی کنند و ممالک مفتوحه را سروسامانی بدهند. آنها به زودی دریافتند که برای ادامه حکومت به عناصر و عوامل داخلی نیازمندند. از این رو حکومت آنان که به سلسله ایخانی معروف است با صدارت دانشمندان ایرانی چون خواجه نصیرالدین طوسی آغاز شد. وی در توسعه فرهنگ ایران در دوره ی ایلخانی نقش اساسی داشت.