در سال 653 هجری هجوم دیگری از سوی مغولان به دست هلاکو یکی از نوه های چنگیز آغاز شد هلاکو نیز مانند اجدا خود به ویرانی شهرها پرداخت و از طرفی به قیام دویست ساله اسماعیلیان در قلعه الموت پایان داد.
بعد از آنکه مغولان شهرهای آباد را ویران کردند، مجبور شدند برای بقا و ایجاد حکومت جدید پاره اندیشی کنند و ممالک مفتوحه را سروسامانی بدهند. آنها به زودی دریافتند که برای ادامه حکومت به عناصر و عوامل داخلی نیازمندند. از این رو حکومت آنان که به سلسله ایخانی معروف است با صدارت دانشمندان ایرانی چون خواجه نصیرالدین طوسی آغاز شد. وی در توسعه فرهنگ ایران در دوره ی ایلخانی نقش اساسی داشت.

سلجوقیان ترکان غز بودند که برای تصرف زمینهای حاصلخیز از ماوراء النهر به کشور ایران آمدند و بزودی با فتوحات خود توانستند علاوه بر ایران آسیای صغیر را نیز به تصرف در آورند. بدین ترتیب در آغاز قرن پنجم سلسله ی ترکان سلجوقی تاسیس شد. بعد از حکومت طغرل نوبت به حکمرانی آلب ارسلان رسید. بعد از مدتی حکومت به دست ملکشاه سلجوقی افتاد و سرانجام در دوره ی حکومت سلطان سنجر سلجوقی حکومت این سلسله رو به ضعف نهاد و بعد از مدتی به دست سلسله ی دیگری به نام خوارزمشاهیان منقرض شد.